瓊脂糖是線性的多聚物，基本結構是1,3連結的β-D-半乳糖和1,4連結的3,6-內醚-L-半乳糖交替連接起來的長鏈 。瓊脂果膠是由許多更小的分子組成的異質混合物。瓊脂糖在水中一般加熱到90℃以上溶解，溫度下降到35-40℃時形成良好的半固體狀的凝膠，這是它具有多種用途的主要特征和基礎。瓊脂糖凝膠性能通常用凝膠強度表示。強度越高，凝膠性能越好。
瓊脂糖Agarose，縮寫為AG，是瓊脂中不帶電荷的中性組成成份，也譯為瓊膠素或瓊膠糖。瓊膠糖化學結構是由1,3連結的β-D-半乳糖和1,4連結的3,6-內醚-L-半乳糖交替連接起來的長鏈構成 。
來源于紅藻的多糖，其主要成分為多聚半乳糖，其中約70%為瓊脂糖，30%為支鏈瓊脂糖。瓊脂糖具線型結構,由D-半乳糖和3,6-脫水半乳糖通過β-1，4和α-1，3連接交替形成重復雙糖單位。支鏈瓊脂糖則從β-1，3鍵分出另一鏈。 用熱水從海藻抽提的物質約含40%瓊脂。市售的瓊脂(俗稱洋菜)常呈片狀或疏松繩索狀，通常作食用膠質，藥物包裝劑或細菌培養基使用。純制的瓊脂糖常在生物化學實驗室中，作為電泳、層析等技術中的半固體支持物，用于生物大分子或小分子物質的分離和分析。
瓊脂，它的英文名為agar。這個詞來源于馬來語的agar-agar，意思是膠狀物。又名瓊膠、菜燕、凍粉，是一類從石花菜及其它紅藻類(Rhodophyceae)植物提取出來的藻膠(phycocottoid)，在我國及日本已有三百多年(1658年)的歷史。中國人亦稱為洋菜或凍粉。日本人稱之為寒天(kanten)，因為它在冬天收獲。中國臺灣人叫它菜燕，和燕窩的質感差不多。韓國人的叫法是??(不知道啥意思)。
瓊脂作為一種*的食品在我國已經有悠久的歷史。它是從大型海洋藻類石花菜、紫菜、江籬等提取分離制成的，廣泛應用于食品和生化等行業。我們常吃的果凍、冰淇淋、糕點、軟糖、罐頭、八寶粥中都含有瓊脂。我國的山東、福建、廣東、海南等擁有*的海洋資源和氣候條件，適宜大型海洋藻類的生長，是生產瓊脂的主要地區，產品遠銷世界各地。
瓊脂是由瓊脂糖(agarose)和瓊脂果膠(agaropectin)組成的。瓊脂糖是線性的多聚物，瓊脂果膠是由許多更小的分子組成的異質混合物。它們的結構相似，但帶硫酸根和羧基組分，凝膠能力差。其熔點:260-481.5℃，相對密度:1.81g/cm3。
溶膠性能方面：瓊脂糖在水中一般加熱到90℃以上溶解，溫度下降到35-40℃時形成良好的半固體狀的凝膠，這是它具有多種用途的主要特征和基礎。瓊脂糖凝膠性能通常用凝膠強度表示。強度越高，凝膠性能越好。質量較好的瓊脂糖強度通常在1200克/cm2以上(1%膠濃度)。瓊脂糖的凝膠性是由存在的氫鍵所致，凡是能破壞氫鍵的因素都能導致凝膠性的破壞。瓊脂糖具有親水性，并幾乎*不存在帶電基團，對敏感的生物大分子極少引起變性和吸附，是理想的惰性載體。在瓊脂糖制備過程中需要把瓊脂果膠盡量去除，否則瓊脂糖有可能存在極微量硫酸根和丙酮酸取代電離基團，就會造成電內滲(EEO)，電內滲對質點的移動產生影響。質量較好的瓊脂糖硫酸根含量比較低，通常在0.2%以下，電內滲比較小，通常在0.13以下。這也就是瓊脂糖比瓊脂貴那么多的原因了。
1937年荒木第一次從瓊脂中分離出瓊脂糖，但直到1961年Hjertin首先發現了瓊脂糖優異的使用性能后才引起了越來越多的關注，并開始工業生產。瓊脂糖廣泛應用于臨床化驗、生化分析和生物大分子物質的分離等領域。
因瓊脂、瓊脂糖因為有特殊的膠凝性質，尤其有顯著的穩固性、滯度和滯后性，并且易吸收水分，有特殊的穩定效應;已經廣泛使用于食用、醫藥、化工、紡織、國防等領域，據不*統計，瓊脂、瓊脂糖的用途已有1000多種，被國際上稱為"新奇的東亞產品"。在食品工業中可用于生產:水晶軟糖、定型軟糖、水產品、肉類罐頭、果汁飲料、果肉飲料、米酒飲料、乳品飲料、精品、乳品蛋糕。由于其良好的生物相容性又廣泛用于生物分離介質的生產。簡單地說，把瓊脂中的瓊脂果膠去掉，剩下的部分，就是瓊脂糖。
